Masjid Agung Kotagede berlokasi di Jalan Watu Gilang, Kotagede Yogyakarta. Masjid ini tidak jauh dari pasar kotagede . Ketika melewati Pasar Kotagede, Wisatawan bisa langsung ambil jalan sebelah barat pasar, setelah itu lurus jalan Watu Gilang ke arah selatan sampai menemukan sebuah papan nama Masjid Agung Kotagede dan makam Raja Mataram Kotagede. Masuk Masjid Agung Kotagede tidak dipungut biaya karena Masjid merupakan tempat beribadah bagi umat Islam. Anda mungkin hanya dikenakan biaya parkir kendaraan sebesar Rp.1.000,- untuk parkir motor dan Rp.2.000,- untuk parkir mobil.