Latar belakang pembangunan pasar Klitikan ini adalah merebaknya kegiatan dari para pedagang klitikan di wilayah Kabupaten Bantul, yang mengakibatkan beberapa kawasan terlihat kurang tertata dan kenyamanan pengguna jalan sering terganggu. Pasar Klitikan Niten merupakan hasil relokasi dari pedagang klitikan yang berada di Utara Pasar Niten, yang tergabung dalam Paguyuban “NITENI”, dan Pedagang Klithikan yang berada di Kawasan Jalan Jenderal Sudirman Bantul, tergabung dalam Paguyuban “DWI MANUNGGAL”, yang sekarang bergabung menjadi satu paguyuban pedagang klitikan “NITENI MANUNGGAL”. Pedoman Penataan Pedagang Pasar Klitikan Niten diatur dalam Peraturan Bupati No. 57 tahun 2010.