Situs ini berada di Karangtengah, Imogiri, Bantul tepatnya di Dusun Mojolegi dan Karangejek. Lokasinya berada dalam komplek makan Kyi Sekarsari dan Nyai Ambarsari, Kyai Loso, Petilasan Pangeran Bendo, dan Mushala Gaib Cempluk Nangka.

Tempat ini cukup sulit dijangkau karena berada di tengah hutan di sebuah bukit. Situs ini merupakan sumber mata air yang terletak di atas bukit batu. Tampak bahwa permukaan bukit batu tersebut memiliki rekahan yang memanjang.

Hanya saja di beberapa titik pada rekahan tersebut memiliki kedalaman yang lebih disbanding yang lainnya dan disinilah yang mengeluarkan iar. Panjang rekahan sekitar 8m. Menurut sumber setempat, situs Watu Wedok terjadi berkaitan dengan pencarian lahan yang direncakan untuk komplek Raja-raja Mataram yang dilakukan oleh Sultan Agung.

Saat sampai di lokasi ini Sultan Agung dan abdi dalem yaitu Kyai Ambasekar, Nyai Ambersari, dan Kyai Loso merasa kehausan. Sultan Agung lantas menacapkan tongkatnya diatas permukaan batu. Ia melakukan itu beberasa kali dan dengan menyeretnya. Secara ajaib bekas tusukan tongkat mengeluarkan air hingga saat ini. Sumber air ini dinamai Watu Wedok karena wujud fisiknya menyerupai kelamin wanita.